Safra, karaciğerin sağ alt kısmında yer alan armut şeklindeki safra kesesinde depolanır. Bir kerede yaklaşık 44 ml safra depolayabilir Safra kesesinin ağzı, sistik kanalla birleşir ve karaciğer kanalına girer. Bu iki boru birlikte safra kanalını oluşturur.

Sindirim sırasında safra, karaciğerden, karaciğer kanalı aracılığıyla safra kanalına akar ve ince bağırsağın ilk kısmı olan, on iki parmak bağırsağına boşalır. Öğün aralarında safraya ihtiyaç yoktur fakat karaciğerden, safra kanalına akmaya devam eder. Onikiparmak bağırsağının ağzını geren, küçük bir yüzük benzeri Oddi adlı büzgen kas tarafından on iki parmak bağırsağının dışında tutulur. Sıvı daha sonra safra kesesine akar ve burada sindirim için tekrar ihtiyaç duyulana kadar konsantre olur ve depolanır.

Bazen safra kesesi, ortalama boyu bir bezelye kadar olan taşlarla dolar. Bu taşlar esas olarak kolesterol ve kalsiyumdan meydana gelir. Ameliyatla alınabilir veya ultrason yöntemiyle kırılabilir.