Karaciğerin sağ alt kısmında safra kesesi bulunur. Safra adı verilen sarımsı bir sıvının bulunduğu ufak bir kesedir. Safra, kolesterol, safra tuzları ve pigmentlerden oluşan bir çözeltidir. Karaciğer her gün neredeyse bir litre safra üretir.

Bunun bir kısmı karaciğerde kalır bir kısmı da biz yemek yiyene kadar safra kesesinde durur. Safra daha sonra; safra kesesi ve karaciğerden ana safra kanalı adı verilen kanala gider ve ince bağırsağa boşaltılır. Safra, karaciğerin atık ürünüdür ve sindirime yardımcı olur. İçindeki mineral tuzlar parçalanır veya ince bağırsaktaki yağlı yiyeceklerin yağlarını küçük damlalara çevirerek bulamaç hâline getirir.

Bazen safra kesesi bezelye tanesi büyüklüğünde taşlarla dolar. Bunlara safra taşı adı verilir. Bu maddeler genelde kolesterol ve kalsiyumdan oluşur ve cerrahi müdahale ile alınabilirler.